Kontrola podatkowa

Kontrola celno-skarbowa – jak przebiega i kiedy odpowiada zarząd? (2026)

· 43 min czytania · aktualizacja:

Pomarańczowy sześcian w stoczni

Na te pytania odpowiada ten artykuł

  • Ile trwa kontrola celno-skarbowa i czy urząd musi ją zapowiedzieć?
  • Czy warto złożyć korektę po wyniku kontroli celno-skarbowej i do kiedy?
  • Kiedy urząd może zająć majątek spółki jeszcze przed wydaniem decyzji?
  • Ile kosztuje skarga do WSA i kto może wnieść skargę kasacyjną?
  • Kiedy członek zarządu odpowiada własnym majątkiem za podatki spółki i jak się od tego uwolnić?

Stan prawny: 7 września 2026 r. · Data przeglądu: 7 września 2026 r. 

Kontrola celno-skarbowa to najbardziej ingerencyjna forma weryfikacji rozliczeń, jaką prowadzi Krajowa Administracja Skarbowa. Wszczyna ją naczelnik urzędu celno-skarbowego co do zasady bez zawiadomienia, z chwilą doręczenia upoważnienia. Powinna zakończyć się w ciągu 3 miesięcy i kończy się wynikiem kontroli, a nie protokołem. Jeżeli wynik kontroli stwierdza nieprawidłowości, kontrolowany może w terminie 14 dni od jego doręczenia złożyć deklarację lub korektę deklaracji uwzględniającą ustalenia kontroli. Brak takiej deklaracji lub korekty albo uwzględnienie ustaleń tylko w części może prowadzić do przekształcenia kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe w zakresie stwierdzonych nieprawidłowości. 

Sama kontrola nie oznacza jeszcze powstania zaległości ani osobistej odpowiedzialności członków zarządu. Może jednak zapoczątkować sekwencję prowadzącą od wyniku kontroli, przez postępowanie podatkowe i decyzję wymiarową, aż do egzekucji administracyjnej oraz – przy spełnieniu odrębnych warunków – odpowiedzialności z art. 116 Ordynacji podatkowej. Potocznie funkcjonuje też nazwa „kontrola skarbowa”, choć urzędy kontroli skarbowej zostały zastąpione przez urzędy celno-skarbowe w 2017 r. 

Poniżej opisujemy każdy etap tej sekwencji: od pierwszych 14 dni po doręczeniu upoważnienia, przez wynik kontroli i decyzję, po skargę do WSA, przedawnienie i przesłanki egzoneracyjne członka zarządu. Jeżeli kontrola już trwa albo spółka otrzymała wynik lub decyzję, prowadzimy takie sprawy w ramach kontroli i sporów podatkowych. 

1. Czym różni się kontrola celno-skarbowa od kontroli podatkowej? 

Kontrola podatkowa jest prowadzona na podstawie działu VI Ordynacji podatkowej, co do zasady przez naczelnika urzędu skarbowego. Jej celem jest weryfikacja, czy kontrolowany prawidłowo wywiązuje się z obowiązków wynikających z przepisów prawa podatkowego. Zasadniczo kontrolę poprzedza zawiadomienie o zamiarze jej wszczęcia. Zakończenie kontroli następuje poprzez doręczenie protokołu, do którego kontrolowany może w terminie 14 dni zgłosić zastrzeżenia lub złożyć wyjaśnienia. 

Kontrola celno-skarbowa jest prowadzona na podstawie ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej przez naczelnika urzędu celno-skarbowego. Jej zakres jest szerszy niż w przypadku kontroli podatkowej i może obejmować nie tylko kwestie podatkowe, lecz także m.in. przestrzeganie przepisów prawa celnego, obrót towarowy z państwami trzecimi, podatek akcyzowy, gry hazardowe, prawo dewizowe oraz niektóre obowiązki związane z przeciwdziałaniem praniu pieniędzy (AML). Co do zasady kontrola celno-skarbowa nie jest poprzedzana zawiadomieniem. Może zostać wszczęta poprzez doręczenie upoważnienia, a w przypadkach niecierpiących zwłoki – nawet poprzez samo okazanie legitymacji. 

Element Kontrola podatkowa Kontrola celno-skarbowa 
Podstawa prawna Ordynacja podatkowa (dział VI) ustawa o KAS (dział V) 
Główny organ naczelnik urzędu skarbowego naczelnik urzędu celno-skarbowego 
Zawiadomienie o kontroli co do zasady tak, kontrola rusza od 7 do 30 dni po zawiadomieniu, o ile nie zachodzi ustawowy wyjątek  co do zasady nie 
Maksymalny czas trwania limit dni roboczych w roku z Prawa przedsiębiorców (co do zasady 6, 18, 24 albo 48 dni zależnie od wielkości firmy; przepisy przewidują jednak wyjątki od tych ograniczeń oraz przypadki niewliczania określonych czynności do limitu) kontrola powinna zakończyć się bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w 3 miesiące, z możliwością wyznaczenia nowego terminu i wskazania przyczyn (art. 63 ustawy o KAS) 
Zakres wykonywanie obowiązków podatkowych podatki, cło, akcyza, gry hazardowe, prawo dewizowe i inne sprawy wskazane w ustawie o KAS 
Korekta w trakcie kontroli zawieszona na czas kontroli w zakresie nią objętym (art. 81b Ordynacji podatkowej) dopuszczalna tylko w ciągu 14 dni od doręczenia upoważnienia (art. 62 ust. 4 ustawy o KAS) 
Dokument kończący kontrolę protokół w sprawach podatkowych przede wszystkim wynik kontroli 
Reakcja kontrolowanego zastrzeżenia lub wyjaśnienia do protokołu w 14 dni (art. 291 § 1 Ordynacji podatkowej) w zakresie objętym kontrolą deklarację lub korektę deklaracji można skutecznie złożyć w ustawowym 14-dniowym terminie liczonym od dnia doręczenia wyniku kontroli 
Dalszy etap ewentualne, odrębnie wszczynane postępowanie podatkowe w razie spełnienia przesłanek ustawowe przekształcenie kontroli w postępowanie podatkowe 

Z punktu widzenia praktyki funkcjonowania spółki różnica ta ma istotne znaczenie. W przypadku kontroli celno-skarbowej należy być przygotowanym na konieczność niezwłocznego zabezpieczenia danych, dokumentacji oraz korespondencji już w momencie doręczenia upoważnienia do kontroli. Nie należy bowiem zakładać wystąpienia okresu przygotowawczego, który często towarzyszy zwykłej kontroli podatkowej. 

Jak długo trwa kontrola celno-skarbowa? 

Kontrola celno-skarbowa powinna zostać zakończona bez zbędnej zwłoki, nie później niż w terminie 3 miesięcy od dnia jej wszczęcia (art. 63 ust. 1 ustawy o KAS). O każdym przypadku niezakończenia kontroli w tym terminie organ zawiadamia kontrolowanego na piśmie, podając przyczyny przedłużenia i nowy termin zakończenia. W praktyce kontrole dotyczące VAT w łańcuchach dostaw, cen transferowych czy należytej staranności są przedłużane wielokrotnie i trwają rok lub dłużej. Termin ma jednak znaczenie procesowe: jeżeli organ nie wskazał nowego terminu, dokumenty z czynności kontrolnych dokonanych po jego upływie nie stanowią dowodu w postępowaniu podatkowym. Każde zawiadomienie o przedłużeniu warto więc odnotować i sprawdzić, czy zawiera obie wymagane informacje. 

Jakie uprawnienia ma kontrolujący, a jakie ma spółka? 

Kontrola celno-skarbowa należy do najbardziej ingerencyjnych instrumentów, jakimi dysponuje Krajowa Administracja Skarbowa. Przedsiębiorcy często koncentrują się przede wszystkim na obowiązkach wobec organu, pomijając fakt, że kontrolowana spółka dysponuje również szeregiem praw procesowych, które mogą mieć istotny wpływ na wynik sprawy. Skuteczna ochrona interesów przedsiębiorstwa wymaga zatem znajomości zarówno uprawnień kontrolujących, jak i gwarancji przysługujących podatnikowi. 

Naczelnik urzędu celno-skarbowego oraz działający z jego upoważnienia funkcjonariusze i pracownicy KAS mogą podejmować szeroki zakres czynności dowodowych. Mogą żądać udostępnienia ksiąg rachunkowych, ewidencji podatkowych, umów, dokumentów handlowych, korespondencji biznesowej oraz innych materiałów istotnych dla kontroli. Uprawnienia te obejmują również dane elektroniczne, w tym informacje zgromadzone w systemach informatycznych, dokumentację przechowywaną w chmurze oraz pliki JPK. 

Kontrolujący mogą również wstępować do pomieszczeń wykorzystywanych w działalności gospodarczej, dokonywać oględzin majątku, sporządzać dokumentację fotograficzną i filmową oraz zabezpieczać dowody. W określonych przypadkach są uprawnieni także do przeszukiwania pomieszczeń, rzeczy i nośników danych. W sprawach dotyczących m.in. obrotu towarowego, akcyzy czy prawa celnego mogą dodatkowo kontrolować towary i środki transportu, pobierać próbki czy nakładać zamknięcia urzędowe. 

Organ może ponadto przesłuchiwać świadków i strony, korzystać z opinii biegłych oraz pozyskiwać informacje od banków, kontrahentów i innych podmiotów współpracujących ze spółką. Oznacza to, że materiał dowodowy nie musi ograniczać się do dokumentów przedstawionych przez kontrolowanego. 

Szerokim uprawnieniom organu odpowiadają obowiązki spółki, w szczególności obowiązek udostępnienia dokumentów i systemów informatycznych, umożliwienia kopiowania danych oraz udzielania wyjaśnień. Obowiązek współpracy może dotyczyć również pracowników, osób odpowiedzialnych za księgowość czy podmiotów świadczących usługi IT. Utrudnianie kontroli może prowadzić do negatywnych konsekwencji procesowych, a w skrajnych przypadkach również do odpowiedzialności karnej skarbowej. 

Spółka nie jest jednak biernym uczestnikiem kontroli. Może korzystać z pomocy profesjonalnego pełnomocnika, składać wyjaśnienia, przedstawiać dowody oraz zgłaszać wnioski dowodowe. Zaangażowanie pełnomocnika już na początkowym etapie kontroli może pozwolić uniknąć błędów, których późniejsze naprawienie bywa znacznie trudniejsze. 

Istotne jest również monitorowanie, czy czynności kontrolne są prowadzone w granicach określonych przepisami prawa i zakresem upoważnienia. W przypadku stwierdzenia nieprawidłowości spółka może zgłaszać zastrzeżenia i domagać się przestrzegania ustawowych ograniczeń. 

Szczególnej ostrożności wymaga sytuacja, w której ustalenia kontroli mogą prowadzić nie tylko do określenia zaległości podatkowej, lecz także do wszczęcia postępowania karnego skarbowego lub – w dalszej perspektywie – do odpowiedzialności członków zarządu na podstawie art. 116 Ordynacji podatkowej. Z tego względu każde wyjaśnienie, odpowiedź czy przekazany organowi dokument powinny być oceniane również z perspektywy ich potencjalnych konsekwencji dla osób zarządzających spółką. 

Skuteczna obrona w toku kontroli celno-skarbowej nie polega zatem na utrudnianiu działań organu, lecz na świadomym i aktywnym korzystaniu z przysługujących spółce praw. Współpraca z kontrolującymi powinna iść w parze z konsekwentnym dokumentowaniem stanowiska spółki, dbałością o kompletność materiału dowodowego oraz reagowaniem na ewentualne uchybienia proceduralne. Działania podjęte już na etapie kontroli mogą bowiem w istotny sposób wpłynąć zarówno na wynik dalszego postępowania podatkowego, jak i na zakres ryzyka ponoszonego przez członków zarządu. 

Pierwsze 14 dni – co zrobić po doręczeniu upoważnienia? 

Od doręczenia upoważnienia biegnie ustawowy termin 14 dni, w którym spółka może złożyć deklarację lub korektę deklaracji w zakresie objętym kontrolą (art. 62 ust. 4 ustawy o KAS). Korekta złożona po tym terminie, a przed zakończeniem kontroli, nie wywołuje skutków prawnych. Pierwsze dwa tygodnie po wszczęciu kontroli celno-skarbowej często decydują więc o dalszym przebiegu całego sporu z organem podatkowym. W praktyce jest to moment, w którym spółka powinna nie tylko zabezpieczyć swoją sytuację procesową, lecz także przeprowadzić wewnętrzną analizę ryzyk podatkowych i zgromadzić materiał dowodowy potwierdzający prawidłowość rozliczeń. Błędy popełnione na tym etapie mogą znacząco utrudnić obronę stanowiska przedsiębiorcy zarówno podczas kontroli, jak i późniejszego postępowania podatkowego. 

Po doręczeniu upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej zarząd powinien w pierwszej kolejności dokładnie zweryfikować zakres kontroli, okres objęty czynnościami oraz rodzaj podatku, którego dotyczy postępowanie. Pozwala to ustalić, jakie dokumenty i osoby będą kluczowe dla przygotowania odpowiedzi na pytania organu. Jednocześnie warto wyznaczyć osobę odpowiedzialną za kontakt z kontrolującymi oraz rozważyć ustanowienie profesjonalnego pełnomocnika, który będzie koordynował komunikację z organem i nadzorował prawidłowość podejmowanych czynności. 

Kolejnym krokiem powinno być zabezpieczenie dokumentacji związanej z przedmiotem kontroli. Dotyczy to nie tylko dokumentów księgowych, faktur i umów, ale również korespondencji e-mailowej, dokumentów projektowych, notatek ze spotkań oraz danych przechowywanych w systemach informatycznych. W praktyce organy podatkowe coraz częściej analizują całokształt okoliczności gospodarczych danej transakcji, dlatego samo przedstawienie faktur może okazać się niewystarczające. Szczególnego znaczenia nabierają dowody potwierdzające rzeczywiste wykonanie usług, dostawę towarów czy gospodarcze uzasadnienie określonych działań biznesowych. 

W pierwszych dniach kontroli warto również przeprowadzić wewnętrzny przegląd rozliczeń objętych zainteresowaniem organu. Analiza deklaracji podatkowych, plików JPK, dokumentacji księgowej oraz wcześniejszej korespondencji z kontrahentami pozwala zidentyfikować potencjalne nieprawidłowości jeszcze przed ich wskazaniem przez kontrolujących. Dzięki temu spółka może lepiej przygotować argumentację, uzupełnić brakujące dokumenty lub ocenić zasadność ewentualnej korekty rozliczeń. 

Istotnym elementem pierwszych 14 dni jest także analiza możliwości złożenia korekty deklaracji. Od 1 października 2025 r. zasady są jednoznaczne: korektę w zakresie objętym kontrolą można skutecznie złożyć wyłącznie w ciągu 14 dni od doręczenia upoważnienia. Jeżeli naczelnik urzędu celno-skarbowego ją uwzględni, doręcza zawiadomienie o uwzględnieniu korekty, a to zawiadomienie kończy kontrolę bez wydawania wyniku (art. 62 ust. 4c ustawy o KAS). W sprawach VAT złożenie korekty w przewidzianym ustawą trybie może mieć wpływ na wysokość dodatkowego zobowiązania podatkowego; przy spełnieniu ustawowych przesłanek jego wysokość może wynosić do 15%. Decyzja o korekcie nie powinna jednak być podejmowana automatycznie. W wielu przypadkach wymaga ona wcześniejszej oceny szans procesowych, skutków finansowych oraz potencjalnego wpływu na odpowiedzialność karnoskarbową. Złożenie korekty może jednak wpływać na zakres dalszego sporu oraz możliwość późniejszej zmiany rozliczenia . 

W tym okresie zarząd powinien również zadbać o odpowiednią organizację komunikacji wewnętrznej. Pracownicy mający kontakt z kontrolującymi powinni znać zakres swoich obowiązków i wiedzieć, kto jest uprawniony do udzielania wyjaśnień w imieniu spółki. Chaotyczne przekazywanie informacji, niespójne stanowiska poszczególnych osób czy spontaniczne odpowiedzi na pytania organu często prowadzą do powstania dodatkowych wątpliwości i utrudniają skuteczną obronę. 

Do najczęstszych błędów popełnianych przez przedsiębiorców na początku kontroli należy bagatelizowanie znaczenia pierwszych czynności organu, przekazywanie dokumentów bez wcześniejszej analizy ich treści, brak koordynacji działań pomiędzy zarządem, księgowością i doradcami oraz podejmowanie decyzji o korekcie rozliczeń pod presją czasu. W praktyce właśnie pierwsze 14 dni po doręczeniu upoważnienia stanowi kluczowy etap budowania strategii procesowej, która może przesądzić o wyniku kontroli, dalszym postępowaniu podatkowym, a w skrajnych przypadkach również o odpowiedzialności członków zarządu za zaległości podatkowe spółki. 

Lista kontrolna: pierwsze 14 dni kontroli celno-skarbowej 

  1. Zweryfikuj upoważnienie: zakres, okres, rodzaj podatku i osoby upoważnione do kontroli. 
  1. Wyznacz jedną osobę do kontaktu z kontrolującymi i rozważ ustanowienie pełnomocnika. 
  1. Zabezpiecz dokumenty, korespondencję i dane z systemów, w tym pliki JPK. 
  1. Przeprowadź wewnętrzny przegląd rozliczeń objętych kontrolą. 
  1. Oceń korektę przed upływem 14 dni: szanse procesowe, koszt, skutki karnoskarbowe. 
  1. Uporządkuj komunikację wewnętrzną: kto i w jakim zakresie odpowiada na pytania organu. 
  1. Dokumentuj każdą czynność kontrolujących i każde pismo od pierwszego dnia. 

Wynik kontroli celno-skarbowej i korekta – kiedy warto ją złożyć? 

Doręczenie wyniku kontroli celno-skarbowej to moment, w którym spółka musi podjąć jedną z najważniejszych decyzji w sporze z organem podatkowym. Choć wynik kontroli nie jest jeszcze decyzją wymiarową i sam w sobie nie określa wysokości zobowiązania podatkowego, stanowi formalne podsumowanie ustaleń naczelnika urzędu celno-skarbowego oraz wskazuje stwierdzone nieprawidłowości. W praktyce pozwala również ocenić kierunek dalszych działań organu i ryzyko kontynuowania sporu w postępowaniu podatkowym. 

Po otrzymaniu wyniku kontroli spółka ma 14 dni na złożenie deklaracji lub korekty deklaracji uwzględniającej ustalenia organu (art. 82 ust. 3 ustawy o KAS). Co istotne, podatnik może zaakceptować nie tylko całość, ale również część ustaleń. Spółka nie musi więc wybierać wyłącznie między pełną akceptacją stanowiska organu a całkowitym zakwestionowaniem wyniku kontroli. Możliwe jest uwzględnienie ustaleń wyniku kontroli tylko w części. W takim przypadku postępowanie podatkowe może zostać wszczęte przez przekształcenie w zakresie tych stwierdzonych nieprawidłowości, które nie zostały uwzględnione w złożonej deklaracji lub korekcie. 

Decyzję o korekcie powinna poprzedzać szczegółowa analiza ustaleń organu oraz zgromadzonego materiału dowodowego. Jeżeli stanowisko organu jest prawidłowe lub szanse na skuteczne zakwestionowanie jego ustaleń są niewielkie, korekta i zapłata zaległości podatkowej może być rozwiązaniem racjonalnym ekonomicznie. Pozwala ograniczyć dalszy wzrost odsetek, koszty wieloletniego sporu oraz część ryzyk związanych z postępowaniem podatkowym i sądowoadministracyjnym. 

Korekta może być szczególnie uzasadniona w przypadku nieprawidłowości o charakterze technicznym, takich jak błędy rachunkowe, niewłaściwe ujęcie transakcji w okresie rozliczeniowym czy braki w dokumentacji, których nie sposób skutecznie obronić. W takich sytuacjach dalszy spór często jedynie wydłuża postępowanie i zwiększa jego koszty. 

Nie zawsze jednak korekta będzie właściwym rozwiązaniem. Ostrożność jest szczególnie wskazana w sprawach dotyczących spornej interpretacji przepisów, należytej staranności, rzeczywistego charakteru transakcji, cen transferowych czy zastosowania klauzuli GAAR, czyli klauzuli przeciwko unikaniu opodatkowania z art. 119a Ordynacji podatkowej. Jeżeli spółka dysponuje mocnymi argumentami i dowodami podważającymi stanowisko organu, zbyt szybka rezygnacja ze sporu może pozbawić ją szansy na korzystne rozstrzygnięcie w dalszym postępowaniu lub przed sądem administracyjnym. 

Szczególną uwagę należy poświęcić również sytuacji finansowej spółki. Korekta prowadząca do powstania znacznej zaległości podatkowej może negatywnie wpłynąć na płynność przedsiębiorstwa i zdolność do regulowania innych zobowiązań, a w określonych przypadkach mieć znaczenie także dla późniejszej oceny odpowiedzialności członków zarządu na podstawie art. 116 Ordynacji podatkowej. 

Złożenie korekty nie zawsze oznacza również definitywne zakończenie sprawy. Jeżeli organ uzna ją za niepełną lub zaakceptuje jedynie część rozliczenia, postępowanie może być kontynuowane w pozostałym zakresie. Z kolei brak korekty co do zasady oznacza konieczność przygotowania się do dalszego etapu postępowania i obrony stanowiska spółki przed organem podatkowym. 

Najczęstszym błędem jest podejmowanie decyzji pod wpływem presji czasu lub założenia, że skoro organ stwierdził nieprawidłowość, dalsza obrona nie ma sensu. Tymczasem każda sprawa wymaga indywidualnej oceny. Zarząd powinien uwzględnić argumentację organu, dostępne dowody, potencjalne koszty sporu, wpływ na płynność finansową oraz konsekwencje dla osób odpowiedzialnych za rozliczenia podatkowe. 

Wynik kontroli warto zatem traktować nie jako ostateczne rozstrzygnięcie, lecz jako moment strategicznej oceny sytuacji. Rzetelna analiza pozwala oddzielić kwestie bezsporne od tych, które warto nadal kwestionować, a tym samym ograniczyć ryzyko finansowe bez niepotrzebnej rezygnacji z obrony praw spółki. 

Przekształcenie kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe – od wyniku do decyzji wymiarowej 

Doręczenie wyniku kontroli celno-skarbowej kończy kontrolę, ale nie musi kończyć sporu z organem. Jeżeli wynik wskazuje na nieprawidłowości, spółka ma co do zasady 14 dni na złożenie deklaracji lub korekty uwzględniającej ustalenia organu – w całości lub w części. Jeżeli zachodzą przesłanki określone w art. 83 ust. 1 ustawy o KAS – w szczególności kontrolowany nie złoży odpowiedniej deklaracji lub korekty albo uwzględni ustalenia wyniku tylko częściowo – kontrola celno-skarbowa przekształca się w postępowanie podatkowe w zakresie wskazanym w tym przepisie. Do przekształcenia może dojść również w określonych przypadkach mimo złożenia korekty, m.in. gdy zachodzą przesłanki do ustalenia dodatkowego zobowiązania w VAT. 

Przekształcenie następuje z dniem doręczenia spółce postanowienia o przekształceniu kontroli w postępowanie podatkowe. Na postanowienie to nie przysługuje zażalenie. Nie rozstrzyga ono jeszcze o wysokości podatku, lecz otwiera etap, w którym organ może wydać decyzję wymiarową. Postępowanie pozostaje w kompetencji naczelnika urzędu celno-skarbowego, który prowadził kontrolę. Do terminu wszczęcia postępowania po zakończeniu kontroli zastosowanie znajduje, poprzez odesłanie z art. 94 ustawy o KAS, art. 165b Ordynacji podatkowej. Co do zasady postępowania nie wszczyna się po upływie 6 miesięcy od zakończenia kontroli, z zastrzeżeniem ustawowych wyjątków. 

Z perspektywy spółki szczególne znaczenie ma to, że postępowanie podatkowe nie rozpoczyna się od „czystej karty”. Organ może wykorzystać dowody zgromadzone podczas kontroli, w tym dokumenty kontrahentów, korespondencję, pliki elektroniczne, wyniki analizy JPK czy protokoły przesłuchań. Nie oznacza to jednak, że ustalenia kontroli wiążą organ przy wydawaniu decyzji. Spółka może kwestionować kompletność, wiarygodność i ocenę poszczególnych dowodów, a organ ma obowiązek rozpatrzyć cały materiał dowodowy. 

Kluczowe znaczenie ma aktywny udział spółki w postępowaniu. Może ona składać wyjaśnienia, przedstawiać dokumenty, zgłaszać wnioski dowodowe oraz odnosić się do materiałów uzyskanych od kontrahentów, świadków czy innych organów. Wniosek dowodowy powinien wskazywać zarówno dowód, jak i okoliczność, którą ma on potwierdzić. Spółka ma również prawo uczestniczyć w przesłuchaniach oraz zadawać pytania świadkom i biegłym. 

Istotnym narzędziem obrony jest dostęp do akt sprawy. Spółka może je przeglądać, sporządzać kopie i notatki oraz analizować nowe materiały włączane przez organ. W praktyce warto robić to na bieżąco, a nie dopiero po wydaniu decyzji. Pozwala to szybko reagować na nowe dowody i wychwytywać ewentualne braki lub nieprawidłowości w postępowaniu. 

Przed wydaniem decyzji organ powinien wyznaczyć stronie siedmiodniowy termin na wypowiedzenie się w sprawie zebranego materiału dowodowego. Jest to istotny moment procesowy, w którym spółka może wskazać luki w materiale, zakwestionować ocenę dowodów oraz przedstawić dodatkowe argumenty. Naruszenie tego prawa nie zawsze prowadzi automatycznie do uchylenia decyzji, dlatego istotne jest wykazanie, jakie argumenty lub dowody spółka mogłaby przedstawić, gdyby zapewniono jej prawidłowy udział w postępowaniu. 

Postępowanie kończy się decyzją wymiarową, w której organ określa – zależnie od przedmiotu sprawy – m.in. wysokość zobowiązania podatkowego, zaległości, zwrotu lub straty. Decyzja powinna zawierać szczegółowe uzasadnienie faktyczne i prawne, w tym wskazanie dowodów, na których organ się oparł, oraz przyczyn odmowy wiarygodności innym dowodom. Z punktu widzenia dalszej obrony szczególnie istotne są pominięte wnioski dowodowe, wybiórcza ocena materiału oraz brak odniesienia do argumentacji spółki. 

Odwołanie od decyzji podatkowej naczelnika urzędu celno-skarbowego spółka wnosi do dyrektora izby administracji skarbowej, za pośrednictwem organu pierwszej instancji, w terminie 14 dni od jej doręczenia. Od 1 lipca 2023 r. odwołania od decyzji wydanych po przekształceniu kontroli celno-skarbowej rozpatruje dyrektor izby administracji skarbowej; wcześniej rozpatrywał je ten sam naczelnik, który wydał decyzję. Odwołanie powinno zawierać konkretne zarzuty, wskazywać zakres żądanej zmiany lub uchylenia decyzji oraz uzasadniające je dowody. Po wyczerpaniu toku instancji spółka może następnie skierować sprawę do wojewódzkiego sądu administracyjnego, co do zasady w terminie 30 dni od doręczenia decyzji drugiej instancji. 

Nie należy również utożsamiać decyzji wydanej wobec spółki z automatyczną odpowiedzialnością członków zarządu. Odpowiedzialność na podstawie art. 116 Ordynacji podatkowej jest przedmiotem odrębnego postępowania i wymaga spełnienia dodatkowych przesłanek. Z tego względu już na etapie postępowania dotyczącego spółki zarząd powinien aktywnie korzystać z przysługujących praw procesowych oraz dokumentować działania podejmowane w związku z ryzykiem podatkowym i sytuacją finansową przedsiębiorstwa. 

W praktyce największym błędem jest traktowanie postępowania podatkowego jako prostego przedłużenia kontroli. Po przekształceniu spółka otrzymuje bowiem pełne możliwości działania jako strona postępowania. Właściwe wykorzystanie dostępu do akt, inicjatywy dowodowej i prawa do wypowiedzenia się przed wydaniem decyzji może mieć kluczowe znaczenie dla dalszego przebiegu sporu i jego ostatecznego wyniku. 

Zabezpieczenie na majątku, rygor natychmiastowej wykonalności i egzekucja administracyjna 

Zabezpieczenie wykonania zobowiązania podatkowego (art. 33 Ordynacji podatkowej) 

Zabezpieczenie wykonania zobowiązania podatkowego ma chronić interes fiskalny państwa na wypadek, gdyby po zakończeniu kontroli lub postępowania podatkowego wyegzekwowanie należności okazało się utrudnione. Nie prowadzi ono jeszcze do ostatecznego zaspokojenia zobowiązania, lecz ma zachować majątek, z którego w przyszłości będzie można przeprowadzić egzekucję. 

Zgodnie z art. 33 Ordynacji podatkowej zabezpieczenie może zostać ustanowione jeszcze przed upływem terminu płatności, jeżeli zachodzi uzasadniona obawa, że zobowiązanie nie zostanie wykonane. W szczególności może o niej świadczyć trwałe nieuiszczanie wymagalnych zobowiązań publicznoprawnych lub wyzbywanie się majątku w sposób utrudniający egzekucję. Organ powinien jednak wskazać konkretne okoliczności uzasadniające taką obawę. Zabezpieczenie może zostać zastosowane również w toku kontroli celno-skarbowej lub postępowania podatkowego, jeszcze przed wydaniem decyzji wymiarowej. 

Organ wydaje w tym celu odrębną decyzję o zabezpieczeniu, w której określa przybliżoną wysokość zobowiązania oraz – w odpowiednich przypadkach – odsetek. Decyzja o zabezpieczeniu nie rozstrzyga ostatecznie wysokości podatku, ale może wywołać istotne skutki majątkowe jeszcze przed zakończeniem sporu. Co do zasady podlega natychmiastowemu wykonaniu, a odwołanie nie wstrzymuje jej wykonania. Podatnik może zaskarżyć decyzję w terminie 14 dni od jej doręczenia. 

Wykonanie zabezpieczenia może polegać m.in. na zajęciu rachunków bankowych, wierzytelności lub innych praw majątkowych, a także na ustanowieniu hipoteki przymusowej czy zakazu rozporządzania określonymi składnikami majątku. Dla przedsiębiorcy może to oznaczać poważne ograniczenie bieżącej działalności, zwłaszcza gdy zajęcie obejmuje środki na rachunkach lub należności od kontrahentów. 

Podatnik może jednak zaproponować inną formę zabezpieczenia, np. gwarancję bankową lub ubezpieczeniową, poręczenie banku, wpłatę odpowiedniej kwoty na rachunek depozytowy organu czy inne formy przewidziane w przepisach. Z punktu widzenia spółki rozwiązanie takie może być korzystniejsze niż blokada aktywów niezbędnych do prowadzenia działalności. 

Samo zabezpieczenie majątku spółki nie oznacza automatycznie odpowiedzialności członków zarządu. Odpowiedzialność na podstawie art. 116 Ordynacji podatkowej wymaga odrębnej decyzji. Dopiero na dalszym etapie, po spełnieniu ustawowych przesłanek, możliwe jest zastosowanie zabezpieczenia również wobec majątku osoby odpowiadającej za zaległości spółki. 

Z perspektywy przedsiębiorcy zabezpieczenie należy więc traktować jako istotny sygnał ryzyka, a nie jedynie techniczny etap postępowania. Spółka powinna równocześnie ocenić zasadność samego zabezpieczenia, możliwość zastąpienia zajęcia mniej uciążliwą formą oraz jego wpływ na płynność finansową i dalsze funkcjonowanie przedsiębiorstwa. 

Rygor natychmiastowej wykonalności decyzji podatkowej (art. 239b Ordynacji podatkowej) 

Od zabezpieczenia należy odróżnić nadanie rygoru natychmiastowej wykonalności decyzji podatkowej. Zasadą jest, że nieostateczna decyzja, od której wniesiono odwołanie, nie podlega wykonaniu. Wyjątkowo organ może nadać jej rygor natychmiastowej wykonalności, jeżeli zachodzi jedna z czterech ustawowych przesłanek: wobec spółki toczy się egzekucja innych należności, spółka nie posiada majątku pozwalającego ustanowić hipotekę lub zastaw na pokrycie zaległości z odsetkami, spółka wyzbywa się majątku znacznej wartości albo do przedawnienia zobowiązania pozostało mniej niż trzy miesiące. Samo wystąpienie jednej z tych okoliczności nie wystarcza – organ powinien dodatkowo uprawdopodobnić, że zobowiązanie nie zostanie wykonane. Rygor nadaje się postanowieniem, na które przysługuje zażalenie w terminie 7 dni. 

Po wydaniu decyzji przez organ odwoławczy staje się ona ostateczna i co do zasady podlega wykonaniu. Samo wniesienie skargi do wojewódzkiego sądu administracyjnego nie wstrzymuje egzekucji. Spółka może jednak wystąpić o wstrzymanie wykonania decyzji, jeżeli jej realizacja grozi znaczną szkodą lub trudnymi do odwrócenia skutkami. Wniosek powinien być poparty konkretnymi danymi finansowymi i dokumentami pokazującymi wpływ egzekucji na działalność przedsiębiorstwa. Alternatywnie możliwe jest ustanowienie odpowiedniego zabezpieczenia, które może umożliwić wstrzymanie wykonania decyzji. 

Egzekucja administracyjna – co dzieje się, gdy decyzja jest wykonalna? 

Egzekucja administracyjna zaległości podatkowej jest prowadzona na podstawie tytułu wykonawczego przez właściwy organ egzekucyjny. Co do zasady jej wszczęcie poprzedza upomnienie, chyba że przepisy przewidują wyjątek od obowiązku jego doręczenia. Organ egzekucyjny może zająć rachunki bankowe, wierzytelności od kontrahentów, ruchomości i nieruchomości spółki, a koszty egzekucyjne obciążają zobowiązanego. Spółka może wnieść zarzut w sprawie egzekucji administracyjnej, na podstawach przewidzianych w art. 33 ustawy o postępowaniu egzekucyjnym w administracji, dotyczących m.in. nieistnienia obowiązku, jego wygaśnięcia lub braku wymagalności – zależnie od okoliczności konkretnej sprawy. Zarzut wnosi się w terminach określonych w art. 33 § 5 u.p.e.a., przy czym jego wniesienie nie później niż w terminie 7 dni od dnia doręczenia zobowiązanemu odpisu tytułu wykonawczego powoduje, zgodnie z art. 35 § 1 u.p.e.a., zawieszenie postępowania egzekucyjnego w całości albo w części z dniem doręczenia zarzutu organowi egzekucyjnemu, do czasu zawiadomienia tego organu o wydaniu ostatecznego postanowienia w sprawie zarzutu. Dwa skutki egzekucji mają znaczenie dla dalszej części tego tekstu: zastosowanie środka egzekucyjnego, o którym podatnik został zawiadomiony, przerywa bieg przedawnienia (sekcja 10), a bezskuteczność egzekucji wobec spółki otwiera organowi drogę do odpowiedzialności członków zarządu (sekcja 7). 

Kiedy członek zarządu odpowiada majątkiem osobistym? Art. 116 Ordynacji podatkowej krok po kroku 

Odpowiedzialność członków zarządu spółki z o.o., spółki akcyjnej i prostej spółki akcyjnej (także w organizacji) za zaległości podatkowe spółki jest solidarna i obejmuje cały ich majątek osobisty, ale ma charakter subsydiarny: powstaje dopiero, gdy egzekucja z majątku spółki okazała się w całości lub w części bezskuteczna, i tylko za zobowiązania, których termin płatności upływał w czasie pełnienia funkcji (art. 116 § 1 i 2 Ordynacji podatkowej). Członek zarządu nie odpowiada więc automatycznie za zaległości podatkowe spółki. Organ podatkowy może sięgnąć do jego majątku osobistego dopiero wtedy, gdy łącznie spełnione zostaną przesłanki określone w art. 116 Ordynacji podatkowej. 

Pierwszym warunkiem jest istnienie zaległości podatkowej spółki. Najczęściej zaległość zostaje potwierdzona po zakończeniu kontroli celno-skarbowej i postępowania podatkowego, gdy organ określi wysokość zobowiązania podatkowego lub zaległości w decyzji wymiarowej. Sama kontrola, wynik kontroli czy wszczęcie postępowania podatkowego nie powodują jeszcze odpowiedzialności członków zarządu. 

Drugą przesłanką jest bezskuteczność egzekucji wobec spółki w całości lub w części. Organ podatkowy musi wykazać, że z majątku spółki nie jest możliwe skuteczne wyegzekwowanie należności podatkowej. Nie oznacza to konieczności wyczerpania wszystkich dostępnych sposobów egzekucji, ale organ powinien dysponować materiałem pozwalającym stwierdzić, że egzekucja nie doprowadzi do zaspokojenia zobowiązania. 

Trzecim warunkiem jest ustalenie, że dana osoba pełniła funkcję członka zarządu w czasie, gdy upływał termin płatności zobowiązania podatkowego, z którego wynika zaległość. Dla odpowiedzialności nie jest decydujące, kto zasiadał w zarządzie podczas kontroli, wydania decyzji podatkowej czy prowadzenia egzekucji. Kluczowy jest moment, w którym spółka była zobowiązana do zapłaty podatku. 

Spełnienie tych warunków organ bada w odrębnym postępowaniu dotyczącym odpowiedzialności osoby trzeciej.. Postępowanie to jest niezależne od postępowania prowadzonego wobec spółki i kończy się wydaniem odrębnej decyzji skierowanej do członka zarządu. W jej ramach organ musi wykazać spełnienie wszystkich ustawowych przesłanek odpowiedzialności. 

Istotne znaczenie mają również najnowsze standardy ochrony praw członków zarządu wynikające z wyroków TSUE z 27 lutego 2025 r. (C-277/24, Adjak) i z 30 kwietnia 2025 r. (C-278/24, Genzyński) oraz z interpretacji ogólnej Ministra Finansów i Gospodarki z 29 sierpnia 2025 r. (nr DTS2.8012.5.2025), która wyznacza krajową praktykę organów. Osoba, wobec której prowadzone jest postępowanie na podstawie art. 116 Ordynacji podatkowej, nie powinna być traktowana wyłącznie jako bierny adresat decyzji. Ma prawo aktywnie kwestionować przesłanki swojej odpowiedzialności, a także – w zakresie koniecznym do skutecznej obrony – ustalenia faktyczne i kwalifikacje prawne dotyczące zaległości spółki oraz materiał dowodowy, na którym organ je oparł. Nie oznacza to jednak automatycznego uzyskania statusu strony postępowania wymiarowego prowadzonego wcześniej wobec spółki ani prawa do zaskarżenia decyzji wydanej wobec spółki. 

W praktyce odpowiedzialność członka zarządu ma charakter subsydiarny i wyjątkowy. Organ podatkowy powinien najpierw wykazać istnienie zaległości podatkowej, następnie bezskuteczność egzekucji wobec spółki oraz związek tej zaległości z okresem pełnienia funkcji przez daną osobę. Dopiero po spełnieniu tych warunków ciężar sporu przenosi się na ocenę, czy członek zarządu może uwolnić się od odpowiedzialności poprzez wykazanie jednej z przesłanek egzoneracyjnych przewidzianych w art. 116 Ordynacji podatkowej. 

Do kiedy organ może wydać decyzję wobec członka zarządu? Art. 118 Ordynacji podatkowej 

Decyzji o odpowiedzialności członka zarządu nie można wydać, jeżeli od końca roku kalendarzowego, w którym powstała zaległość podatkowa spółki, upłynęło 5 lat (art. 118 § 1 Ordynacji podatkowej). Zobowiązanie wynikające z takiej decyzji przedawnia się z upływem 3 lat od końca roku kalendarzowego, w którym decyzję doręczono (art. 118 § 2). Art. 118 ustanawia odrębny termin na wydanie decyzji o odpowiedzialności osoby trzeciej oraz termin przedawnienia zobowiązania wynikającego z tej decyzji. Nie oznacza to jednak pełnej niezależności odpowiedzialności członka zarządu od istnienia zaległości spółki – wygaśnięcie zobowiązania dłużnika głównego może mieć zasadnicze znaczenie dla możliwości orzekania lub egzekwowania odpowiedzialności osoby trzeciej. W sprawach z art. 116 trzeba więc sprawdzać trzy daty: przedawnienie zobowiązania spółki, termin na wydanie decyzji wobec członka zarządu i przedawnienie zobowiązania wynikającego z tej decyzji. 

Co może zmienić projekt UC138? 

W marcu 2026 r. Ministerstwo Finansów opublikowało projekt nowelizacji Ordynacji podatkowej (UC138), który ma dostosować art. 116 do wyroków TSUE. Projekt zastępuje „członków zarządu” szerszą kategorią „osób zarządzających”, obejmującą także osoby faktycznie kierujące spółką bez formalnej funkcji, rezygnuje z przesłanki bezskuteczności egzekucji, dodaje możliwość uwolnienia się od odpowiedzialności przez wykazanie należytej staranności i wprost obejmuje zaległości po likwidacji spółki. Na 7 września 2026 r. UC138 pozostawał projektem rządowym w toku prac legislacyjnych. W Rządowym Procesie Legislacyjnym projekt miał status otwarty; opublikowane były materiały z uzgodnień, konsultacji publicznych i opiniowania, natomiast nie wynikało z nich jeszcze skierowanie projektu do Sejmu. 

Jak uwolnić się od odpowiedzialności? Przesłanki egzoneracyjne z art. 116 Ordynacji podatkowej 

Członek zarządu może uwolnić się od odpowiedzialności za zaległości podatkowe spółki, jeżeli wykaże jedną z trzech ustawowych przesłanek: podjęcie we właściwym czasie działań upadłościowych lub restrukturyzacyjnych, brak winy w niezłożeniu wniosku o ogłoszenie upadłości albo istnienie mienia spółki pozwalającego zaspokoić zaległość w znacznej części. Ciężar wykazania tych okoliczności spoczywa co do zasady na członku zarządu, podczas gdy organ musi wcześniej wykazać podstawowe przesłanki odpowiedzialności, w tym istnienie zaległości, pełnienie funkcji w odpowiednim czasie oraz bezskuteczność egzekucji wobec spółki. 

Pierwszą drogą obrony jest wykazanie, że we właściwym czasie zgłoszono wniosek o ogłoszenie upadłości, otwarto postępowanie restrukturyzacyjne albo zatwierdzono układ. Samo przygotowanie planu naprawczego, rozmowy z wierzycielami czy złożenie wniosku restrukturyzacyjnego nie wystarczą – ustawa wymaga podjęcia działań prowadzących do faktycznego uruchomienia właściwej procedury. 

Kluczowe znaczenie ma przy tym właściwe ustalenie momentu powstania niewypłacalności. Nie chodzi o chwilę, w której spółka utraciła już wszelkie środki, lecz o moment, w którym powstały ustawowe podstawy do ogłoszenia upadłości. Co do zasady wniosek należy złożyć w terminie 30 dni od powstania stanu niewypłacalności. Samo powstanie zaległości podatkowej czy doręczenie decyzji wymiarowej nie oznacza jednak automatycznie, że termin ten już upłynął. Konieczna jest analiza rzeczywistej sytuacji płynnościowej i majątkowej spółki oraz ustalenie, kiedy zarząd powinien był rozpoznać jej niewypłacalność. 

Z tego względu zarząd powinien na bieżąco monitorować przepływy pieniężne, terminowość regulowania zobowiązań, dostępne finansowanie oraz realność prognoz wpływów. Istotne jest również dokumentowanie podejmowanych działań i decyzji, ponieważ w późniejszym postępowaniu może to mieć znaczenie dla wykazania dochowania należytej staranności. 

Drugą przesłanką jest brak winy w niezłożeniu wniosku o ogłoszenie upadłości. Po wyroku TSUE w sprawie Genzyński (C-278/24) nie może być ona traktowana jako przesłanka wyłącznie teoretyczna. Członek zarządu powinien mieć rzeczywistą możliwość wykazania, że dochował wymaganej staranności, a mimo to nie złożył wniosku z przyczyn, którym nie mógł zapobiec. Samo powołanie się na nieznajomość sytuacji finansowej, poleganie na księgowości czy podział kompetencji w zarządzie nie przesądza jeszcze o braku winy. Znaczenie mają natomiast dokumenty pozwalające odtworzyć proces decyzyjny – raporty finansowe, prognozy płynności, informacje o zaległościach, uchwały, korespondencja czy opinie doradców. 

Nie można również zakładać, że brak winy wynika z faktu, iż jedynym wierzycielem spółki był Skarb Państwa. Jeżeli wystąpiły przesłanki niewypłacalności, obowiązek podjęcia odpowiednich działań może istnieć także w takiej sytuacji. Interpretacja ogólna z 29 sierpnia 2025 r. (nr DTS2.8012.5.2025) wymaga złożenia wniosku we właściwym czasie nawet wtedy, gdy okaże się on ostatecznie bezskuteczny z powodu zbyt małej liczby wierzycieli. 

Trzecią przesłanką jest wskazanie mienia spółki, z którego egzekucja pozwoli zaspokoić zaległość w znacznej części. Nie wystarczy jednak ogólne wskazanie aktywów czy należności od kontrahentów. Mienie powinno być odpowiednio skonkretyzowane, możliwe do zidentyfikowania i realnie dostępne dla egzekucji, a jego wartość powinna pozwalać na istotne zaspokojenie zaległości. 

Obrona członka zarządu nie ogranicza się jednak do wykazywania przesłanek egzoneracyjnych. Po wyroku TSUE w sprawie Adjak (C-277/24) członek zarządu musi mieć również możliwość zakwestionowania samej podstawy i wysokości zaległości spółki. Decyzja wydana wobec spółki nie może pozbawiać członka zarządu realnej możliwości przedstawienia w postępowaniu dotyczącym jego odpowiedzialności przeciwdowodów odnoszących się do ustaleń faktycznych i kwalifikacji prawnych istotnych dla istnienia oraz wysokości zaległości. Nie oznacza to jednak przyznania mu środka zaskarżenia od decyzji wydanej wobec spółki. Z prawem tym wiąże się również możliwość dostępu do akt postępowania prowadzonego wobec spółki w zakresie niezbędnym do podważenia ustaleń organu. 

W praktyce skuteczna obrona zaczyna się więc jeszcze przed wszczęciem postępowania z art. 116. Zarząd powinien dokumentować sytuację finansową spółki, moment powstania niewypłacalności, podejmowane działania restrukturyzacyjne lub upadłościowe oraz przebieg sporu podatkowego. Po wszczęciu postępowania należy natomiast zweryfikować nie tylko przesłanki egzoneracyjne, lecz także samą wysokość i istnienie zaległości oraz prawidłowość postępowania prowadzonego wobec spółki. 

Skarga do WSA i skarga kasacyjna do NSA – terminy, koszty i szanse 

Otrzymanie niekorzystnej decyzji podatkowej nie musi oznaczać końca sporu z organem. Po wyczerpaniu postępowania administracyjnego podatnik może skierować sprawę do sądu administracyjnego i poddać decyzję niezależnej kontroli. To istotny etap, na którym sąd ocenia, czy organ prawidłowo zastosował przepisy prawa, właściwie ocenił materiał dowodowy i dochował wymogów proceduralnych. 

Pierwszym krokiem jest wniesienie skargi do wojewódzkiego sądu administracyjnego (WSA) w terminie 30 dni od doręczenia decyzji organu odwoławczego. Skargę składa się za pośrednictwem organu, który wydał zaskarżone rozstrzygnięcie. Organ może w ramach tzw. autokontroli zmienić swoją decyzję, a następnie przekazuje skargę wraz z aktami sprawy i odpowiedzią na skargę do sądu w terminie 30 dni od jej otrzymania. W skardze należy wskazać konkretne naruszenia prawa i wykazać, na czym polega wadliwość decyzji. Najczęściej dotyczą one błędnej wykładni przepisów, niepełnego postępowania dowodowego, pominięcia istotnych dowodów lub naruszenia zasad postępowania podatkowego. 

Samo wniesienie skargi do WSA nie wstrzymuje automatycznie wykonania decyzji. Jeżeli zachodzi ryzyko egzekucji, podatnik może wystąpić z wnioskiem o wstrzymanie jej wykonania, wykazując, że realizacja decyzji mogłaby spowodować znaczną szkodę lub trudne do odwrócenia skutki. Dla spółki może to mieć szczególne znaczenie, zwłaszcza gdy wykonanie decyzji groziłoby zajęciem rachunków lub ograniczeniem bieżącej działalności. 

Ile kosztuje skarga do WSA? 

Wpis od skargi na decyzję określającą zobowiązanie podatkowe jest stosunkowy i zależy od kwoty sporu: przy należności powyżej 100 000 zł wynosi 1% wartości przedmiotu zaskarżenia, nie mniej niż 2 000 zł i nie więcej niż 100 000 zł. Przy niższych kwotach stawka jest wyższa: 4% do 10 000 zł (min. 100 zł), 3% od 10 000 do 50 000 zł (min. 400 zł) i 2% od 50 000 do 100 000 zł (min. 1 500 zł). Podstawą jest rozporządzenie Rady Ministrów z 16 grudnia 2003 r. w sprawie wysokości oraz szczegółowych zasad pobierania wpisu w postępowaniu przed sądami administracyjnymi. Przy sporze o 5 mln zł wpis od skargi wynosi więc 50 000 zł, a od skargi kasacyjnej połowę tej kwoty. Do kosztów trzeba doliczyć wynagrodzenie pełnomocnika, ale w razie wygranej sąd zasądza od organu zwrot kosztów postępowania. 

Jeżeli wyrok WSA jest niekorzystny, podatnik może wnieść skargę kasacyjną do Naczelnego Sądu Administracyjnego (NSA) w terminie 30 dni od doręczenia wyroku wraz z uzasadnieniem. Skarga kasacyjna musi zostać sporządzona przez profesjonalnego pełnomocnika – adwokata, radcę prawnego lub doradcę podatkowego uprawnionego do jej wniesienia. 

NSA nie rozpoznaje sprawy od początku ani nie prowadzi postępowania dowodowego. Bada przede wszystkim prawidłowość zastosowania prawa materialnego i procesowego przez sąd pierwszej instancji. Dlatego skuteczność skargi kasacyjnej zależy od precyzyjnego wskazania błędów prawnych popełnionych przez WSA. 

Szanse powodzenia w postępowaniu sądowoadministracyjnym zawsze wymagają indywidualnej oceny. Istotne znaczenie mają zarówno charakter sporu, jak i jakość zgromadzonego materiału dowodowego oraz sposób sformułowania zarzutów. Szczególnie istotne mogą być przypadki, w których organ naruszył przepisy proceduralne, pominął istotne dowody lub dokonał błędnej wykładni prawa. 

Przedawnienie zobowiązania podatkowego – kiedy upływa 5 lat i co je zawiesza? 

Przedawnienie zobowiązania podatkowego jest jedną z najważniejszych instytucji chroniących podatników przed nieograniczonym w czasie dochodzeniem należności przez organy skarbowe. W praktyce spory dotyczące przedawnienia pojawiają się bardzo często, zwłaszcza w sprawach poprzedzonych kontrolą celno-skarbową, wieloletnim postępowaniem podatkowym lub postępowaniami sądowoadministracyjnymi. Dla przedsiębiorców i członków zarządu kluczowe znaczenie ma zrozumienie, że samo upływanie czasu nie zawsze prowadzi do wygaśnięcia zobowiązania podatkowego. Bieg terminu przedawnienia może bowiem zostać zawieszony lub przerwany, co w praktyce znacząco wydłuża okres, w którym fiskus może dochodzić należności. 

Co do zasady zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem pięciu lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku (art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej). Jeżeli więc podatek za dany okres powinien zostać zapłacony w 2021 r., podstawowy termin przedawnienia upłynie z końcem 2026 r. Po tym czasie zobowiązanie wygasa z mocy prawa, a organ podatkowy traci możliwość skutecznego dochodzenia należności. Potocznie mówi się „przedawnienie podatku”, choć przedawnia się zobowiązanie, a nie podatek jako taki. W teorii zasada ta wydaje się prosta, jednak w praktyce ustalenie rzeczywistej daty przedawnienia często wymaga szczegółowej analizy wszystkich zdarzeń procesowych, które miały miejsce w toku kontroli, postępowania podatkowego i egzekucyjnego. 

Największe znaczenie ma instytucja zawieszenia biegu terminu przedawnienia. Zawieszenie oznacza, że przez określony czas termin nie biegnie, a po ustaniu przyczyny zawieszenia jest kontynuowany od momentu, w którym został zatrzymany. Nie dochodzi więc do rozpoczęcia biegu od nowa, lecz do „zamrożenia” upływu czasu. Ordynacja podatkowa (art. 70 § 6) przewiduje kilka sytuacji, które mogą wywołać taki skutek. Do najważniejszych należy wniesienie skargi do wojewódzkiego sądu administracyjnego na decyzję dotyczącą zobowiązania podatkowego, wszczęcie postępowania w sprawie przestępstwa lub wykroczenia skarbowego pozostającego w związku z danym zobowiązaniem, a także zastosowanie zabezpieczenia majątkowego. Każde z tych zdarzeń może istotnie wydłużyć okres, w którym organ zachowuje możliwość dochodzenia należności. 

Odrębnym mechanizmem jest przerwanie biegu terminu przedawnienia (art. 70 § 4). W przeciwieństwie do zawieszenia, przerwanie powoduje, że po wystąpieniu określonego zdarzenia termin zaczyna biec od początku. Najczęściej dochodzi do tego w związku z zastosowaniem środka egzekucyjnego, o którym podatnik został skutecznie zawiadomiony. W praktyce oznacza to, że podjęcie czynności egzekucyjnych przez organ może spowodować rozpoczęcie biegu nowego pięcioletniego okresu przedawnienia.  

Szczególne wątpliwości budzi art. 70 § 8 Ordynacji podatkowej dotyczący zobowiązań zabezpieczonych hipoteką przymusową lub zastawem skarbowym. Po wyroku Trybunału Konstytucyjnego z 8 października 2013 r. (SK 40/12) oraz w świetle utrwalonego orzecznictwa sądów administracyjnych przyjmuje się, że ustanowienie takiego zabezpieczenia nie wyłącza biegu terminu przedawnienia.  Stanowisko to podziela również Ministerstwo Finansów w piśmie DSP5.054.1.2024.  

W ostatnich latach szczególnie dużo sporów dotyczyło instrumentalnego wszczęcia postępowania karnego skarbowego jako podstawy zawieszenia biegu terminu przedawnienia. W uchwale z 24 maja 2021 r. (I FPS 1/21) NSA przesądził, że sąd administracyjny może badać, czy wszczęcie takiego postępowania nie miało charakteru wyłącznie instrumentalnego i nie służyło jedynie wydłużeniu czasu na prowadzenie postępowania podatkowego. Organy muszą wykazać rzeczywiste podstawy do prowadzenia takiego postępowania, a podatnik ma prawo kwestionować jego wpływ na bieg terminu przedawnienia. W maju 2026 r. Sejm uchwalił uchylenie art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej, czyli samej podstawy tego zawieszenia, ale ustawa została zawetowana. Przepis nadal obowiązuje, a linia orzecznicza z uchwały I FPS 1/21 pozostaje głównym narzędziem obrony. 

Kwestia przedawnienia ma również znaczenie dla członków zarządu: odpowiedzialność z art. 116 Ordynacji podatkowej jest bowiem uzależniona od istnienia zaległości podatkowej po stronie spółki. Jeżeli zobowiązanie podatkowe wygasło wskutek przedawnienia, co do zasady nie może stanowić podstawy do skutecznego dochodzenia należności od członka zarządu. Niezależnie od tego biegnie pięcioletni termin z art. 118 na wydanie decyzji wobec członka zarządu (sekcja 7). Dlatego w postępowaniach dotyczących odpowiedzialności osób zarządzających analiza terminów przedawnienia powinna być jednym z podstawowych elementów strategii procesowej. 

W praktyce przedsiębiorcy często popełniają błąd polegający na przyjęciu, że wystarczy obliczyć pięć lat od terminu płatności podatku. Tymczasem rzeczywista data przedawnienia może zostać przesunięta przez liczne zdarzenia procesowe występujące na przestrzeni kilku lat. Z tego względu każda sprawa wymaga indywidualnej analizy chronologii kontroli, postępowania podatkowego, postępowań sądowych oraz działań egzekucyjnych. Dopiero takie kompleksowe podejście pozwala ocenić, czy organ nadal może skutecznie dochodzić należności, czy też zobowiązanie podatkowe wygasło wskutek upływu czasu. 

Kalendarz sporu w liczbach – terminy, które decydują o wyniku 

Każdy z opisanych etapów wiąże się z odrębnymi terminami. Ich przeoczenie może wywołać istotne skutki procesowe lub osłabić pozycję podatnika w sporze z organem, dlatego warto mieć je w jednym miejscu. 

Etap Termin Podstawa prawna 
Korekta deklaracji po wszczęciu kontroli celno-skarbowej 14 dni od doręczenia upoważnienia art. 62 ust. 4 ustawy o KAS 
Zakończenie kontroli celno-skarbowej do 3 miesięcy od wszczęcia, z możliwością przedłużenia art. 63 ustawy o KAS 
Korekta po doręczeniu wyniku kontroli 14 dni art. 82 ust. 3 ustawy o KAS 
Przekształcenie kontroli w postępowanie podatkowe co do zasady do 6 miesięcy od zakończenia kontroli art. 94 ustawy o KAS w zw. z art. 165b Ordynacji podatkowej 
Wypowiedzenie się co do zebranego materiału dowodowego 7 dni art. 200 Ordynacji podatkowej 
Odwołanie od decyzji wymiarowej 14 dni od doręczenia art. 223 Ordynacji podatkowej 
Zażalenie na rygor natychmiastowej wykonalności 7 dni art. 239b § 4 w zw. z art. 236 § 2 Ordynacji podatkowej 
Zarzuty w sprawie egzekucji administracyjnej 30 dni od dnia wyegzekwowania w całości obowiązku, kosztów upomnienia i kosztów egzekucyjnych; do dnia całkowitego wykonania obowiązku niepieniężnego albo zapłaty należności pieniężnej wraz z odsetkami i kosztami; 7 dni od dnia doręczenia postanowienia o umorzeniu postępowania egzekucyjnego w całości albo w części art. 33 i art. 35 ustawy o postępowaniu egzekucyjnym w administracji 
Skarga do WSA 30 dni od doręczenia decyzji drugiej instancji art. 53 PPSA 
Przekazanie skargi przez organ do sądu 30 dni od otrzymania skargi art. 54 § 2PPSA 
Skarga kasacyjna do NSA 30 dni od doręczenia wyroku z uzasadnieniem art. 177 § 1 PPSA 
Wniosek o ogłoszenie upadłości 30 dni od powstania stanu niewypłacalności art. 21 § 1 Prawa upadłościowego 
Przedawnienie zobowiązania podatkowego spółki 5 lat od końca roku, w którym upłynął termin płatności art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej 
Decyzja o odpowiedzialności członka zarządu do 5 lat od końca roku, w którym powstała zaległość art. 118 § 1 Ordynacji podatkowej 
Przedawnienie zobowiązania członka zarządu z decyzji 3 lata od końca roku doręczenia decyzji art. 118 § 2 Ordynacji podatkowej 

Kontrola celno-skarbowa rzadko kończy się na etapie kontroli. O wyniku całej sekwencji przesądzają decyzje podejmowane w pierwszych 14 dniach, przy wyniku kontroli i przy każdym kolejnym terminie z tej tabeli, a także dokumentacja, którą zarząd prowadzi na długo przed tym, zanim organ sięgnie po art. 116. Wsparcie na każdym z tych etapów, od przygotowania do kontroli po skargę kasacyjną i obronę członka zarządu, opisujemy na stronie kontrole i spory podatkowe. Jeżeli spór ujawnił, że struktura lub forma opodatkowania spółki generuje ryzyko, skalę alternatyw możesz wstępnie oszacować w kalkulatorze oszczędności podatkowej.

Podstawa prawna / Źródła

  1. Ustawa z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej (art. 62, 63, 82, 83, 94)
  2. Ustawa z dnia 24 czerwca 2025 r. o zmianie ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej oraz niektórych innych ustaw (zasady korekty od 1 października 2025 r.)
  3. Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa (art. 33, 70, 116, 118, 165b, 239b)
  4. Ustawa z dnia 17 czerwca 1966 r. o postępowaniu egzekucyjnym w administracji (art. 33, 35)
  5. Ustawa z dnia 30 sierpnia 2002 r. – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (art. 53, 54, 177)
  6. Ustawa z dnia 28 lutego 2003 r. – Prawo upadłościowe (art. 21)
  7. Rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 16 grudnia 2003 r. w sprawie wysokości oraz szczegółowych zasad pobierania wpisu w postępowaniu przed sądami administracyjnymi
  8. Interpretacja ogólna Ministra Finansów i Gospodarki z 29 sierpnia 2025 r., nr DTS2.8012.5.2025 (odpowiedzialność członków zarządu po wyrokach TSUE)
  9. Wyrok TSUE z 27 lutego 2025 r., C-277/24, Adjak
  10. Wyrok TSUE z 30 kwietnia 2025 r., C-278/24, Genzyński
  11. Uchwała NSA z 24 maja 2021 r., I FPS 1/21 (instrumentalne wszczęcie postępowania karnego skarbowego)
  12. Wyrok Trybunału Konstytucyjnego z 8 października 2013 r.,ynacji podatkowej)
  13. Pismo Ministerstwa Finansów nr DSP5.054.1.2024 (przedawnienie zobowiązań zabezpieczonych hipoteką i zastawem skarbowym)
  14. Projekt ustawy o zmianie ustawy – Ordynacja podatkowa, nr Ministrów (etap rządowy, stan na 7 września 2026 r.)

Najczęstsze pytania

Kontrola powinna zakończyć się bez zbędnej zwłoki, nie później niż w 3 miesiące od wszczęcia (art. 63 ust. 1 ustawy o KAS). Organ może wyznaczyć nowy termin, ale musi zawiadomić spółkę na piśmie, podając przyczyny i nowy termin zakończenia. W praktyce kontrole dotyczące VAT czy cen transferowych trwają często rok lub dłużej.

Powiązane artykuły